戊二醛常用于石油化工、造纸等领域的水处理，作为杀菌剂常与其他药剂复配，也可单独使用。戊二醛作为水处理剂有以下优点：水溶液本身可生物降解，不会造成新的污染；毒性低，2%戊二醛水溶液，其LD50(小白鼠口服)为12.6mL/kg，接近无毒化学品水平；pH值使用范围宽；能与任何比例与水互溶；本身不会对设备腐蚀。次投加戊二醛的量一般为100～150mg/L，戊二醛溶液生产商，时间大约维持4～6周，水变清澈后，可以减少戊二醛的投加量，一般维持在50mg/L的水平。
以戊二醛为杀菌剂，考察其杀菌性能、对金属的腐蚀性及与其阻垢缓蚀剂的配伍情况，结果如下。当混合异养菌浓度为5.4×108个/L时
质量分数为2%的戊二醛杀灭细菌和芽孢的活性与8%的甲醛相仿，质量分数为2.5%的缓冲戊二醛用于内窥镜的灭菌在15min 内可杀菌绿脓，而质量分数为70%的乙醇则没有效果。与氯相比，同样用200mg/L 的水溶液浸泡家禽饲养器具，氯只能杀灭90%的细菌，而戊二醛的杀灭率为99.9%。对某些细菌比次氯酸盐的杀菌效果要好。(3)杀菌迅速。质量分数为2%戊二醛可在2min内杀灭
细菌繁殖体，戊二醛溶液批发，5min破坏表面抗原，5min~10min内杀灭病毒和真菌，10min~45min内杀灭菌
对干燥枯草芽孢，2%碱性戊二醛在20℃时达到灭菌需要10h。2%强化酸性戊二醛溶液和2%中性戊二醛也都具有可靠的杀芽孢作用。2%戊二醛溶液浸泡口腔镜7min可使其上的HBsAg破坏，2%中性戊二醛复方消毒剂作用10min可使HBsAg破坏。杀菌的影响因素1)浓度和作用时间的影响随着浓度的增加和作用时间的延长，青岛戊二醛溶液，杀菌作用增强。但质量分数低于2%的戊二醛溶液，无论怎样延长杀菌时间，也不能取得可掌的杀细菌芽孢效果。
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